Estudia medicina a la Universitat de Barcelona i es llicencia el 1910 i es doctora el 1911. Es presenta a oposicions de metge militar i es destinat al Marroc com a capità metge on adquireix experiència en cirurgia de guerra (1912-1916). Amplia estudis a Berna, París i Viena. De tornada, guanya per oposició, successivament, les càtedres d'anatomia topogràfica i operacions de Granada (1916), Saragossa (1918) i Barcelona (1920). A l’Hospital Clínic, converteix la seva Càtedra de Tècnica Quirúrgica i Patologia Quirúrgica en un departament més orientat cap a la traumatologia i l'ortopèdia i crea el servei d’urgències que, aviat, es guanya un gran prestigi assistencial però, també, com a centre formador de cirurgians.
Degà de la Facultat de Medicina de 1931 a 1939 participa en la creació de la Universitat Autònoma de Barcelona. I és membre de la comissió executiva de la facultat i de la posterior junta en època de guerra.
És la màxima figura de la cirurgia catalana en els anys de la República. Funda i dirigeix amb altres col·legues la Societat Catalana de Cirurgia i la Revista de Cirugía de Barcelona, el Boletín de la Sociedad de Cirugía i l’Asociación Española de Cirujanos en 1935. Entre altres càrrecs és president de la Reial Acadèmia de Medicina de Catalunya i de l’Acadèmia de Ciències Mèdiques i de la Salut de Catalunya i Balears (1928-1930). President del VII congrés de Metges i Biòlegs de llengua catalana (1932) i fundador de la Sociedad Española de Ortopedia y Traumatologia.
Quan esclata la Guerra Civil és nomenat membre del Consell de Sanitat de Guerra per la Generalitat de Catalunya. Durant els enfrontaments treballa com a cap de l’Hospital Militar de Vallcarca i de l’Hospital Clínic. A més té el grau de coronel i és cap de Sanitat de l’Exèrcit de l’Est.
El 1939 s’exilià a França, on residí a Carcassona treballant a clíniques quirúrgiques, com la del Dr. Émil Delteil, on va atendre maquis, fins el 1942. Aquest any es va instal·lar a Andorra, on va obrir una clínica i va exercir la pràctica quirúrgica.
Des d’Espanya se li van obrir diversos expedients acusat de roig separatista, entre altres càrrecs, com a resultat, el 1941, fou inhabilitat a perpetuïtat. Tornà a Catalunya el 1947, aprofitant un indult, però se’l va mantenir allunyat de l’ensenyament i a més fou empresonat amb l’acusació d’atendre a guerrillers anarquistes. Malgrat tot, el 1953 el Ministeri de Educació Nacional el declarà depurat amb la sanció d’inhabilitació per l’exercici de càrrecs directius i de confiança. De 1954 a 1956 marxà a Argentina com a catedràtic de patologia quirúrgica de la Universitat de Cuyo a Mendoza. Tornà a Barcelona, on el van readmetre sense sancions com a catedràtic, i adscrit a la Facultat de Medicina de Barcelona, a disposició del claustre, el qual no li va encomanar cap tasca, considerant que els seus serveis ja no eren necessaris. Va publicar treballs sobre tumors cerebrals, mal de Pott, fractures, quists hidatídics i altres temes quirúrgics. Quan es va jubilar tornar a Barcelona on passà els seus últims dies fins a la seva mort el 1964.
Actualment l'Hospital de l’Institut Català de la Salut de Badalona rep el nom de l’Hospital Germans Trias Pujol.